Načini gospodarjenja na kmetijah so opredeljeni kot odločitve in praktični ukrepi, ki določajo upravljanje kmetije. Vključujejo tehnologije pridelovanja, kakršno je vrstenje poljščin, ter načine obdelave tal in s tem povezano pokritost tal z rastlinsko odejo, pa tudi tipe in zmogljivosti skladišč za organska gnojila*.
*Opredelitev pojma je povzeta po: H. P. Piorr, U. Eppler (University of Eberswalde) in the framework of the PAIS project (Proposal on Agri-Environmental-Indicators), financed by ESTAT (od 2000 do 2004).

V Sloveniji je med kategorijami kmetijskih zemljišč največ trajnega travinja, najmanj pa njiv in vrtov. Kljub temu je temeljna značilnost slovenskega poljedelstva usmerjenost v pridelovanje krme. Zaradi gospodarnosti pridelave med krmnimi rastlinami močno prevladuje koruza. Posledica ozke setvene sestave je sorazmerno majhna pokritost tal, zelo velik delež koruze in malo metuljnic v kolobarju. Vsi našteti dejavniki pospešujejo degradacijske procese tal. Rahlo povečevanje pokritosti tal in deleža metuljnic v setveni sestavi po letu 2000 je predvsem posledica uvedbe nekaterih ukrepov v okviru Slovenskega kmetijsko-okoljskega programa in Kmetijsko okoljskega programa. Setvena sestava je odsev specializacije kmetijske pridelave, zato v njej v kratkem času ni pričakovati bistvenih sprememb. S tega vidika je obravnavano obdobje 1992–2007 sorazmerno kratko.

Ustrezna zmogljivost skladišč omogoča dobro gospodarjenje z živinskim gnojilom in zmanjšuje nevarnost za onesnaženje naravnih virov. Slovenski predpisi določajo, da mora biti na voljo 3,5 m² gnojišča s pripadajočo gnojnično jamo 2 m³ za vsako glavo velike živine (GVŽ) oziroma 8 m³ jame ali lagune za gnojevko. Pri govedorejskih kmetijah, usmerjenih v prirejo mleka, prevladujejo tipi kmetij, na katerih skladiščijo živinsko gnojilo kot hlevski gnoj. Od anketiranih kmetij je okrog 85 % takih, ki imajo gnojišča in jame za gnojnico oziroma gnojevko, 2 % jih ima le gnojišča brez gnojničnih jam in 13 % izključno gnojevko.

Skladiščna zmogljivost objektov na kmetijah, ki imajo izključno gnojevko, je primerljiva s povprečjem v EU. Približno 70 % slovenskih kmetij lahko skladišči gnojevko več kakor šest mesecev. Prevladujejo betonske gnojnične jame zunaj hleva (55 %), manj je skladišč za gnojevko pod rešetkami v hlevu (39 %), drugo so odprte nadzemne cisterne in lagune. Na kmetijah, ki imajo kombinirana skladišča, je zmogljivost teh razmeroma velika, saj zadostujejo za več kakor šestmesečno skladiščenje živinskega gnojila – njihova skupna zmogljivost je v primerjavi z EU nadpovprečna. Med gnojišči za hlevski gnoj prevladujejo nepokrita na neprepustni oziroma betonski podlagi (> 90 %). Glede tipa in zmogljivosti gnojišč je stanje v Sloveniji primerljivo s tistim na Finskem in Švedskem.

Ne v EU ne v Sloveniji nimamo podatkov o stanju v preteklosti in ocena trendov ni mogoča. V zadnjem času se povečuje število analiz zemlje, kar omogoča prilagajanje gnojenja potrebam rastlin. Izjemno povečanje teh analiz v letih 2004 in 2005 je posledica uvedbe plačila za izvajanje standarda nitratne direktive, v kateri je med drugimi pogoji predpisano gnojenje na podlagi analize tal in gnojilnega načrta.