Kazalec prikazuje omrežje Natura 2000 in predstavlja območja, najprimernejša za ohranjanje ali doseganje ugodnega stanja vrst in habitatnih tipov v interesu EU, katere del je Slovenija. Na teh območjih so predvideni varstveni ukrepi in ukrepi prilagojene rabe naravnih dobrin.

Območja Natura 2000 so določena z Uredbo o posebnih varstvenih območjih (območjih Natura 2000), Uradni list RS, št. 49/04, 110/04, 59/07, 43/08, 33/13, 35/13, 39/13-OdlUS, 3/14 in 21/16 in 47/18). Na podlagi Direktive o habitatih (Direktiva sveta 92/43/EGS) so opredeljena posebna ohranitvena območja (SAC), na podlagi Direktive o pticah (Direktiva sveta 79/409/EGS) pa posebna varstvena območja (SPA). Območja SPA in SAC se deloma prekrivajo.

S pridružitvijo EU je bila Slovenija obvezana določiti in vzdrževati Natura 2000 območja, ki predstavljajo dobrih 7681 km² ali 37,50 % celotne površine Republike Slovenije.

Predloge območij (SAC – Special Areas of Conservation), ki jih je Slovenija opredelila z vladno uredbo na podlagi direktive o habitatih, je Evropska komisija sprejela po posebnem postopku, ki je trajal nekaj let. Pogajanja z Evropsko komisijo so se pričela z biogeografskima seminarjema, maja 2005 je bil izveden biogeografski seminar za alpsko, aprila 2006 pa za celinsko regijo. Na podlagi zaključkov obeh seminarjev je Slovenija aprila 2013 s spremembo Uredbe območja dopolnila.

Na podlagi direktive o pticah uredba določa tudi posebna območja varstva, pomembna za ohranitev ali doseganje ugodnega stanja vrst ptic (SPA - Special Protection Areas). Ob pregledu usklajenosti je Evropska komisija ugotovila, da Slovenija ni določila zadostnega števila območij, tako po obsegu, kot po številu. Začasno je Slovenija s spremembo uredbe v maju 2008 dodatno določila še območja, ki po mnenju Evropske komisije izpolnjujejo pogoje za posebna varstvena območja.

Evropska komisija je nato na bilateralnem srečanju (ti. biogeografskem seminarju) junija 2014 strokovno preverila stanje izpolnjenosti obveznosti Direktive o habitatih glede vzpostavljenega območja Natura 2000 v Sloveniji. Zaključki so pokazali bistven napredek in nekaj pomanjkljivosti, ki jih je Slovenija odpravila s spremembo Uredbe marca 2016.

Okrog 70 % slovenskega omrežja Natura 2000 pokrivajo gozdovi, kar kaže na njihovo splošno dobro ohranjenost. Nad gozdno mejo je 4% površine območij Natura 2000. V preteklosti so bili precej izkrčeni nižinski poplavni gozdovi, ki niso v ugodnem stanju ohranjenosti, in se s pomočjo omrežja še posebej varujejo. Od negozdnih površin je v omrežju Natura 2000 približno 20 % kmetijskih zemljišč v uporabi, med njimi pa so najpomembnejši ekstenzivni travniki. Ti so v mnogih območjih še v ugodnem stanju ohranjenosti, vendar pa njihovo ugodno stanje ponekod ogroža zaraščanje zaradi opuščanja kmetovanja, drugje pa intenzifikacija njihove rabe.

V omrežju Natura 2000 se posebej ohranjajo tudi jame (v okviru 67-tih območjih, od skupaj 324-tih). Celinske vode predstavljajo površinsko le dober odstotek omrežja, vendar je njihov pomen za ohranjenost omrežja zelo velik. Veliko voda sicer ni v najbolj ugodnem stanju ohranjenosti. V območju Natura 2000 so bistvena tudi nekatera pozidana območja, saj so človekova bivališča pomembna za razmnoževanje, počivanje oz. prezimovanje nekaterih živalskih vrst. Zlasti gre za živali iz skupin ptic (npr. bela štorklja, veliki skovik) in sesalcev (npr. netopirji).

Ekološko pomembna območja, ki so določena z Uredbo o ekološko pomembnih območjih iz leta 2004, dopolnjena leta 2013, so območja habitatnega tipa, dela habitatnega tipa ali večje ekosistemske enote, ki pomembno prispevajo k ohranjanju biotske raznovrstnosti. Za ta območja veljajo določene varstvene usmeritve in pravila ravnanja, ki se morajo upoštevati pri urejanju prostora in rabi naravnih dobrin, pri čemer pa za gradnjo objektov na teh območjih, ki niso obenem območje Natura 2000, zavarovano območje ali območje naravnih vrednot, ni treba pridobiti naravovarstvenih pogojev in soglasja.
Kot ekološko pomembno območje je med drugim določeno tudi osrednje območje življenjskega prostora velikih zveri ter morje in morsko obrežje. Natura 2000 območja so sestavni del ekološko pomembnih območij.