Kazalec prikazuje omrežje Natura 2000 in predstavlja območja, najprimernejša za ohranjanje ali doseganje ugodnega stanja vrst in habitatnih tipov v interesu EU, katere del je Slovenija. Na teh območjih so predvideni varstveni ukrepi in ukrepi prilagojene rabe naravnih dobrin.

Območja Natura 2000 (ekološko omrežje EU) so določena z Uredbo o posebnih varstvenih območjih (območjih Natura 2000), Uradni list RS, št. 49/04, 110/04, 59/07 in 43/08. Na podlagi Direktive o habitatih (Direktiva sveta 92/43/EGS) so opredeljena posebna ohranitvena območja (pSCI), na podlagi Direktive o pticah (Direktiva sveta 79/409/EGS) pa posebna varstvena območja (SPA). Območja SPA in SCI se deloma pokrivajo.

S pridružitvijo EU je bila Slovenija obvezana določiti in vzdrževati Natura 2000 območja, ki predstavljajo nekaj več kot 7202 km² ali 35,5 % ozemlja Republike Slovenije.

Predloge območij (posebna ohranitvena območja – SCI), ki jih je Slovenija opredelila z vladno uredbo na podlagi direktive o habitatih, bo Evropska komisija sprejela po posebnem postopku, ki običajno traja nekaj let. Pogajanja z Evropsko komisijo so se pričela z biogeografskima seminarjema, in sicer je bil maja 2005 biogeografski seminar za alpsko regijo in aprila 2006 biogeografski seminar za celinsko regijo. Na podlagi zaključkov obeh seminarjev bo Slovenija morala določiti še nekatera območja po habitatni direktivi za tiste habitatne tipe oz. vrste, za katere je Evropska komisija ugotovila, da niso določeni v zadostni meri. S tem, ko je Evropska komisija potrdila in uradno objavila sezname območij za alpsko (19.3.2008) in celinsko (15.1.2008) biogeografsko regijo, so se le-ta preimenovala iz potencialnih posebnih ohranitvenih območij – pSCI v posebna ohranitvena območja – SCI.

Na podlagi direktive o pticah uredba določa tudi posebna območja varstva, pomembna za ohranitev ali doseganje ugodnega stanja vrst ptic (SPA - Special Protection Areas). Ob pregledu usklajenosti je Evropska komisija ugotovila, da Slovenija ni določila zadostnega števila območij, tako po obsegu, kot po številu. Zato so bila s spremembo uredbe v maju 2008 dodatno določena še območja, ki po mnenju Evropske komisije izpolnjujejo pogoje za posebna varstvena območja, t.i. SPA dodatki, z namenom preprečitve slabšanja stanja ptic in njihovih habitatov za čas do dokončne ureditve in potrditve vseh območij Natura.

Okrog 70 % slovenskega omrežja Natura 2000 pokrivajo gozdovi, kar kaže na njihovo splošno dobro ohranjenost. V preteklosti bo bili precej izkrčeni nižinski poplavni gozdovi in niso v ugodnem stanju ohranjenosti ter se s pomočjo omrežja še posebej varujejo. Od negozdnih površin je v omrežju Natura 2000 ca. 20 % kmetijskih zemljišč v uporabi, med njimi pa so najpomembnejši ekstenzivni travniki. Ti so v mnogih območjih še v ugodnem stanju ohranjenosti, pritiski na zmanjševanje ugodnega stanja pa so veliki, tako po naravni poti z zaraščanjem zaradi opuščanja kmetovanja kot zaradi intenzifikacije njihove rabe.
V omrežju Natura 2000 se posebej ohranjanjo tudi jame (v okviru 70-tih območjih, od skupaj 260-tih). Celinske vode predstavljajo površinsko le dober odstotek omrežja, vendar je njihov pomen za ohranjenost omrežja zelo velik. Veliko voda je sicer v ne najbolj ugodnem stanju ohranjenosti. Človekova bivališča so pomembna za razmnoževanje, počivanje oz. prezimovanje nekaterih vrst, zato so v območju Natura 2000 bistvena tudi nekatera pozidana območja. Zlasti gre za živali iz skupin ptic (npr. bela štorklja, veliki skovik) in sesalcev (npr. netopirji).

Ekološko pomembna območja so določena z Uredbo o ekološko pomembnih območjih iz leta 2004 in so območja habitatnega tipa, dela habitatnega tipa ali večje ekosistemske enote, ki pomembno prispevajo k ohranjanju biotske raznovrstnosti. Za ta območja veljajo določene varstvene usmeritve in pravila ravnanja, ki se morajo upoštevati pri urejanju prostora in rabi naravnih dobrin, pri čemer pa za gradnjo objektov na teh območjih, ki niso obenem območje Natura 2000, zavarovano območje ali območje naravnih vrednot, ni treba pridobiti naravovarstvenih pogojev in soglasja.
Kot ekološko pomembno območje je med drugim določeno tudi osrednje območje življenjskega prostora velikih zveri ter morje in morsko obrežje. Natura 2000 območja so sestavni del ekološko pomembnih območij.