Fosfor je nepogrešljiv biogeni element, ki skupaj z drugimi okoljskimi dejavniki uravnava biološko produkcijo v jezerih zmernega pasu. Ob pomanjkanju razpoložljiva količina fosforja omejuje, sicer pa pospešuje primarno produkcijo. V primeru preobremenitve s fosforjem prihaja v jezerih do številnih biokemijskih procesov, ki jih zajamemo s skupnim pojmom evtrofikacije. Povprečna vsebnost celotnega fosforja v vodi je najpomembnejši kazalec trofičnosti jezer.

Povečana vsebnost fosforja pospešuje produktivnost fitoplanktona v jezerih, ki vpliva na zmanjšano prosojnost jezera. Prosojnost, ki jo merimo s posebno Secchijevo ploščo in izražamo kot Secchijevo globino, uporabljamo kot pomožni kazalec trofičnosti.

Evtrofikacija, ki jo povzroča prekomerno kopičenje hranilnih snovi, zlasti fosforja, je osnovni problem večine jezer in zadrževalnikov v Sloveniji. Neustrezno odvajanje komunalnih odplak in izpiranje z intenzivno obdelanih kmetijskih površin sta največja in najpogostejša vira fosforja v jezerih in zadrževalnikih. Vsebnost fosforja v vodi je zato zelo odvisna od gostote poseljenosti, komunalne urejenosti naselij in intenzivnosti rabe prostora v pojezerju.

V Evropi narašča število jezer z nižjo vsebnostjo fosforja in večjo prosojnostjo, kar je posledica ukrepov, ki vplivajo na zmanjšanje obremenitev iz pojezerij. V Sloveniji so bili ukrepi za zmanjšanje trofičnosti jezer uvedeni le v primeru Blejskega jezera, ki je bilo v 60. letih močno evtrofno. Na osnovi ukrepov, ki so poleg sanacije kanalizacije vključevali tudi hidrološke spremembe, se je vsebnost fosforja v Blejskem jezeru zmanjšala in prosojnost povečala. V letu 2009 je povprečna letna vsebnost fosforja v Blejskem jezeru znašala 13,2 μg P/l, kar je na ravni povprečja v obdobju 2005 – 2009 (12,5 μg P/l), povprečna prosojnost pa je bila skoraj za 2 m nižja od povprečja, kar je posledica povečane produkcije fitoplanktona, ki kaže, da trofičnost Blejskega jezera ponovno narašča. Na osnovi analiz fitoplanktona v skladu z zahtevami Vodne direktive (Directive 2000/60/ES) je bilo ekološko stanje Blejskega jezera v letu 2009 ocenjeno kot zmerno.

Poleg Blejskega je Bohinjsko jezero edino večje (>0,5 km^{2), stalno naravno jezero v Sloveniji. Gre za oligotrofno (z nizko vsebnostjo hranil), pretočno alpsko jezero, kjer so vplivi človeka, zaradi pojezerja, ki obsega območje malo poseljenega visokogorskega krasa, razmeroma blagi. Povprečna vsebnost fosforja je še vedno nizka <5 μg P/L in ne kaže izrazitega naraščanja. Prosojnost, ki v povprečju presega 9 m, je v letu 2009 znašala 8,3 m, kar opozarja na povečane vplive iz okolja. Ob stalnem naraščanju turizma se urbani pritiski na Bohinjsko jezero stopnjujejo, zato so preventivi ukrepi, ki vključujejo premišljeno, sonaravno prostorsko načrtovanje in zmeren razvoj pojezerja za stanje Bohinjskega jezera ključnega pomena.}

S fosforjem so najbolj obremenjeni zadrževalniki v osrednji in severo-vzhodni Sloveniji, kar je posledica lege v območjih z intenzivno kmetijsko izrabo tal in še vedno ne povsem urejeno komunalno infrastrukturo. Po visoki povprečni vsebnosti fosforja nad 100 μg/l so v letu 2009 izstopala Šmartinsko, Perniško, Ledavsko in Gajševsko jezero. V Perniškem jezeru je povprečje znašalo celo nad 200 μg/L, kar kaže na res velike obremenitve zadrževalnika s hranili. Velik delež obremenitve s hranili in fosforjem v vseh zadrževalnikih predstavlja tudi intenzivna ribiška dejavnost, od krapolova, do ribogojstva. O trendih upadanja fosforja tu ni mogoče govoriti, nihanja v koncentraciji fosforja med posameznimi leti v zadrževalnikih so le posledica specifičnih hidroloških in vremenskih razmer ob vzorčenju. Tudi prosojnost teh zadrževalnikov je stalno nizka in ne preseže 1 m. Poleg stalno visoke produkcije planktonskih alg in cianobakterij, na zmanjšano prosojnost vpliva občasno tudi velika količina suspendiranega materiala, ki ga med hranjenjem dvigujejo ribe, oziroma veter, ki v plitvih zadrževalnikih večkrat premeša vso vodo od površine do dna.

Zadrževalniki v povodju Jadranskega morja, Klivnik in Molja v Brkinih v porečju reke Reke ter Vogršček v Vipavski dolini, so manj obremenjeni s hranili kot štajerski in prekmurski. Vsi trije sodijo med mezotrofna, s hranili zmerno obremenjena jezera, kjer je povprečna vsebnost fosforja med 10 in 20 µg/l. Tudi povprečna prosojnost teh zadrževalnikov je večja, med 2 in 3 m. V letu 2009 se je vsebnost fosforja povečala v zadrževalniku Klivnik iz povprečno 11,8 μg/l na 15 μg/l, prosojnost pa zmanjšala iz povprečno 2,9 na 2,3 m.

Velenjsko jezero je umetno jezero, ki je nastalo ob termoelektrarni Šoštanj zaradi ugrezanja in zalitja opuščenega dela rudnika lignita v Velenju. V obdobju 2007 – 2009 kaže vsebnost fosforja trend upadanja. V letu 2009 je povprečna letna vsebnost fosforja znašala 24 μg/l, kar je manj kot v preteklih letih. Tudi povprečna prosojnost se je v letu 2009 povečala.

Ptujsko jezero je velika rečna akumulacija. Obremenjenost s fosforjem je znatna. V letu 2009 je povprečna vsebnost fosforja v Ptujskem jezeru znašala povprečno 35 µg/l, kar je manj kot v preteklih letih, prosojnost jezera pa se je kljub temu zmanjšala na povprečno 0,5 m. Na nizko prosojnost vplivajo velike količine suspendiranega materiala, ki ga prinaša reka Drava v Ptujsko jezero. Zaradi velike pretočnosti, ki zavira produkcijo fitoplanktona prosojnost v primeru Ptujskega jezera ni relevanten pokazatelj trofičnosti.