Fosfor je nepogrešljiv biogeni element, ki skupaj z drugimi okoljskimi dejavniki uravnava biološko produkcijo v jezerih zmernega pasu. Razpoložljiva količina fosforja v jezeru ob pomanjkanju omejuje, sicer pa pospešuje primarno produkcijo. V primeru preobremenitve s hranili, predvsem s fosforjem prihaja v jezerih do številnih biokemijskih procesov, ki jih zajamemo s skupnim pojmom evtrofikacija. Povprečna vsebnost celotnega fosforja v vodi je pomembnen kazalec trofičnosti jezer.

Povečana vsebnost fosforja pospešuje produktivnost fitoplanktona v jezerih. Ta se lahko tako razmnoži,da vpliva na zmanjšano prosojnost jezera. Prosojnost, ki jo merimo s posebno Secchijevo ploščo in izražamo kot Secchijevo globino, uporabljamo kot pomožni kazalec trofičnosti.

V Blejskem jezeru je pred začetkom delovanja natege (1980/81) in delno sanacijo kanalizacije (1985) povprečna letna koncentracija fosforja znašala povprečno 73 μg P/L. V istem obdobju je povprečna letna prosojnost znašala samo 4,3 m. Takoj po začetku delovanju natege se je vsebnost fosforja začela manjšati. V zadnjem desetletju je znašala povprečno12,6 μg P/L, prosojnost jezera pa je narasla na povprečno 6,7 m. V tem desetletnem obdobju je najnižja povprečna letna koncentracija fosforja znašala 10, najvišja pa 16 μg P/L, povprečna prosojnost jezera pa je nihala od 8,3 do 4,45 m, kar kaže, da je občasno vnos fosforja v Blejsko jezero še vedno prevelik, posledica pa so občasna »cvetenja« fitoplanktona, ki so bila izrazitejša v letih 2009 in 2010.

Vsebnost fosforja se preverja le 4-krat letno, zato je stanje fitoplanktona relevantnejši pokazatelj trofičnosti . V skladu z zahtevami Vodne direktive (2000/60/ES) je bilo ekološko stanje Blejskega jezera v obdobju od 2008 do 2011 na osnovi stanja fitoplanktona ocenjeno kot zmerno, v letu 2012 pa so bili doseženi kriteriji za dobro stanje, vendar je za potrditev dejanskega izboljšanja stanja potreben triletni niz opazovanj.

Poleg Blejskega je Bohinjsko jezero edino večje (>0,5 km2) stalno naravno jezero v Sloveniji. Gre za oligotrofno, pretočno alpsko jezero, kjer so vplivi človeka, zaradi pojezerja, ki obsega območje malo poseljenega visokogorskega krasa, razmeroma blagi. Povprečna vsebnost fosforja je še vedno nizka <5 μg P/L in ne kaže izrazitega naraščanja. Prosojnost, ki je v obdobju 2000 - 2005 v povprečju presegla 9,5 m, je bila v obdobju 2005 -2012 sicer nekoliko manjša (9,3 m) ,vendar je bila v zadnjih dveh letih spet večja (10,5; 9,9 m), kar kaže le na sezonska nihanja in ne trenda slabšanja. Tudi ekološko stanje Bohinjskega jezera je na osnovi stanja fitoplanktona ocenjeno kot zelo dobro. Kljub temu, se moramo zavedati, da se ob stalnem naraščanju turizma pritiski na Bohinjsko jezero stopnjujejo in so preventivi ukrepi, ki vključujejo premišljeno, sonaravno prostorsko načrtovanje in zmeren razvoj pojezerja za stanje Bohinjskega jezera ključnega pomena.

V Sloveniji so s fosforjem najbolj obremenjeni zadrževalniki v osrednji in severovzhodni Sloveniji, kar je posledica lege v območjih z intenzivno kmetijsko izrabo tal in še vedno ne povsem urejeno komunalno infrastrukturo. Po visoki povprečni vsebnosti fosforja nad 100 μg/L izstopajo Perniško, Ledavsko in Gajševsko jezero. Velik delež obremenitve s hranili in fosforjem v vseh zadrževalnikih predstavlja tudi intenzivna ribiška dejavnost, od krapolova, do ribogojstva. O trendih upadanja fosforja tu ni mogoče govoriti, nihanja v koncentraciji fosforja med posameznimi leti v zadrževalnikih so le posledica specifičnih hidroloških in meteoroloških razmer ob vzorčenju. Tudi prosojnost teh zadrževalnikov je stalno nizka in ne preseže globine 1 m. Poleg stalno visoke produkcije planktonskih alg in cianobakterij, na zmanjšano prosojnost vpliva občasno tudi velika količina suspendiranega materiala, ki ga med hranjenjem dvigujejo ribe, oziroma veter, ki v plitvih zadrževalnikih večkrat premeša vso vodo od površine do dna.

Zadrževalniki v povodju Jadranskega morja, Klivnik in Molja v Brkinih v porečju reke Reke ter Vogršček v Vipavski dolini, so manj obremenjeni s fosforjem kot štajerski in prekmurski. Vsi trije sodijo med mezotrofna, s hranili zmerno obremenjena jezera, kjer je povprečna vsebnost fosforja med 12 in 20 µg/l. Tudi povprečna prosojnost teh zadrževalnikov je večja, med 2 in 3 m. Nihanja tako vsebnosti fosforja, kot tudi prosojnosti so posledica specifičnih hidroloških in vremenskih razmer pred vzorčenjem.

Velenjsko in Družmirsko jezero sta umetni jezeri, ki sta nastali zaradi ugrezanja in zalitja opuščenih delov rudnika lignita v Velenju. Povprečna vsebnost fosforja v Velenjskem jezeru je v obdobju 2007 - 2012 znašala 51 μg/L, kar je znatna obremenitev. Kljub temu je produkcija fitoplanktona verjetno zaradi povišane vsebnosti molibdena in sulfatov, nižja od pričakovane. Kljub visoki vsebnosti fosforja je zato prosojnost Velenjskega jezera razmeroma visoka. V obdobju 2007 - 2012 je v povprečju zanašala 5,8 m. V prvih dveh letih opazovanja Družmirskega jezera je bila vsebnost fosforja zelo različna. V letu 2010 je povprečna vsebnost znašala 50 μg/L, v letu 2011 in 2012, pa je bila za polovico manjša, 23 μg/L. Podobno kot v Velenjskem jezeru produkcijo fitoplanktona motijo onesnaževala in velika količina suspendiranega materiala, ki vpliva na manjšo prosojnost Povprečna prosojnost Družmerskega jezera je v letih 2010 – 2012 znašala povprečno 3,1 m..