V letih od 2002 do 2005 je opazen trend izboljševanja kakovosti kemijskega stanja in saprobiološke kakovosti površinskih vodotokov.
Kazalec od leta 2006 zaradi spremembe zakonodaje nadomesti kazalec [VD12] Kemijsko in ekološko stanje površinskih voda.

Slovenija ima v svetovnem merilu eno najvišjih podzemeljskih biotskih pestrosti. Vodna favna z 200 vrstami je sploh najbogatejša, kopenska s 150 vrstami pa zaostaja kvečjemu za južnejšimi deli Dinarskega krasa. Pet slovenskih jamskih sistemov se je uvrstilo med 20 najbogatejših na svetu. Postojnsko-planinski jamski sistem s 50 vodnimi in 35 kopenskimi vrstami visoko prednjači. Zakon o varstvu podzemnih jam ščiti podzemeljsko okolje kot celoto. Ugotovljeno je slabšanje stanja v podzemeljskih habitatih, posebej drastično v okolici Kočevja.