Onesnaženje rek s hranili prikazujemo kot povprečno letno vrednost vsebnosti hranil – nitratov in ortofosfatov v vzorcih, odvzetih v okviru rednega spremljanja kakovosti površinskih voda. Povprečne vrednosti so primerjane z vrednostmi ozadja oziroma domnevnimi naravnimi vrednostmi. Naravne vrednosti vsebnosti fosforja in dušika so odvisne predvsem od geološke sestave in tipa prsti v porečju. Tudi povečana vsebnost amonija je posledica organskega onesnaženja vodotoka, ki ga povzročajo komunalne in industrijske odpadne vode ter izpiranje s kmetijskih površin. Vnos velike količine hranil v vode lahko vodi do evtrofikacije oziroma cvetenja. Pojav povzroči ekološke spremembe, ki se kažejo v zmanjšanju števila rastlinskih in živalskih vrst, poleg tega ima negativne posledice tudi na rabo vode.

Samočistilna sposobnost rek izraža količino organske mase, ki se s pomočjo mikroorganizmov v vodi razgradi v anorgansko snov. Grobo merilo za samočistilno sposobnost vodotoka je biokemijska potreba po kisiku (BPK5), ki je ob organskem onesnaženju navadno povečana.

Onesnaženje z dušikovimi spojinami je posledica spiranja s kmetijskih površin ter prispevkov komunalnih in industrijskih odpadnih vod. Za onesnaženje s
fosforjem so najpogostejši vzrok odpadne vode iz industrije in odplake iz gospodinjstev. Statistično pomembnega trenda vsebnosti nitrata v danem obdobju ni
opaziti. Vrednosti so nekoliko nad ozadjem, ki je naveden za večino evropskih rek (po podatkih EEA je ta meja 1 mg N/l). Tudi pri vsebnosti ortofosfata v
letih od 1998 do 2012 ni opaziti statistično pomembnega trenda. Vsebnosti ortofosfata presegajo vrednosti ozadja, navedenega za večino evropskih rek (10 µg
P/l).

Amonij v vodnem okolju vstopa v oksidacijski proces in se oksidira do oksidiranih dušikovih oblik, predvsem nitrata. Sama oksidacija vpliva tudi na
kisikove razmere v vodi, kar dodatno poslabša kakovostno stanje. V nekaterih okoliščinah (kombinacija temperature vode, slanosti in pH-vrednosti) amonij
lahko preide v plinasto obliko amoniak, ki je za vodne organizme strupen že v manjših količinah. Statistično značilnega trenda za podano obdobje ni mogoče
določiti.

Visoka vrednost biokemijske potrebe po kisiku je ponavadi posledica organskega onesnaženja, ki ga povzročajo izpusti komunalnih in industrijskih odpadnih
voda ter spiranje s kmetijskih površin. Posledice visokih vrednosti biokemijske potrebe po kisiku se kažejo v poslabšanju kemijske in biološke kakovosti
vode, pa tudi v upadanju biološke raznovrstnosti vodne združbe in slabši mikrobiološki kakovosti vode. Po letu 2005 so vrednosti občutno padle. Znižanje
vrednosti biokemijske potrebe po kisiku je posledica izboljšanja obdelave odpadnih voda in opuščanja industrije, ki močno onesnažuje vodotoke z odpadnimi
vodami.