Fosfor je nepogrešljiv biogeni element, ki skupaj z drugimi okoljskimi dejavniki uravnava biološko produkcijo v jezerih zmernega pasu. Razpoložljiva količina fosforja v jezeru ob pomanjkanju omejuje, sicer pa pospešuje primarno produkcijo. V primeru preobremenitve s fosforjem prihaja v jezerih do številnih biokemijskih procesov, ki jih zajamemo s skupnim pojmom evtrofikacija. Povprečna vsebnost celotnega fosforja v vodi je pomembnen kazalec trofičnosti jezer.

Povečana vsebnost fosforja pospešuje produktivnost fitoplanktona v jezerih. Ta se lahko tako razmnoži,da vpliva na zmanjšano prosojnost jezera. Prosojnost, ki jo merimo s posebno Secchijevo ploščo in izražamo kot Secchijevo globino, uporabljamo kot pomožni kazalec trofičnosti.

V Evropi narašča število jezer z nižjo vsebnostjo fosforja in večjo prosojnostjo, kar je posledica ukrepov, ki vplivajo na zmanjšanje obremenitev iz pojezerij. V primerjavi s stanjem v 70. letih prejšnjega stoletja izboljšanje opažamo tudi v Blejskem jezeru, vendar so v zadnjih štirih letih »cvetenja« fitoplanktona v Blejskem jezeru ponovno pogostejša, kar vpliva tudi na manjšo prosojnost jezera in opozarja na povečano trofičnost Blejskega jezera, čeprav povprečna vsebnost fosforja trenutno še ne kaže trenda naraščanja. Vsebnost fosforja se preverja le 4-krat letno, zato je stanje fitoplanktona relevantnejši pokazatelj trofičnosti . V skladu z zahtevami Vodne direktive (Directive 2000/60/ES) je bilo ekološko stanje Blejskega jezera v obdobju od 2008 do 2011 na osnovi stanja fitoplanktona ocenjeno kot zmerno.

Poleg Blejskega je Bohinjsko jezero edino večje (>0,5 km2)stalno naravno jezero v Sloveniji. Gre za oligotrofno, pretočno alpsko jezero, kjer so vplivi človeka, zaradi pojezerja, ki obsega območje malo poseljenega visokogorskega krasa, razmeroma blagi. Povprečna vsebnost fosforja je še vedno nizka <5 μg P/L in ne kaže izrazitega naraščanja. Prosojnost, ki je v obdobju 2000 - 2005 v povprečju presegla 9,5 m, se je v obdobju 2005 -2010 nekoliko zmanjšala (9,1 m), kar opozarja na povečane vplive iz okolja. Ob stalnem naraščanju turizma se pritiski na Bohinjsko jezero stopnjujejo, zato so preventivi ukrepi, ki vključujejo premišljeno, sonaravno prostorsko načrtovanje in zmeren razvoj pojezerja za stanje Bohinjskega jezera ključnega pomena. V skladu z zahtevami Vodne direktive (Directive 2000/60/ES) je bilo ekološko stanje Bohinjskega jezera v obdobju od 2008 do 2011 na osnovi stanja fitoplanktona ocenjeno kot zelo dobro.

V Sloveniji so s fosforjem najbolj obremenjeni zadrževalniki v osrednji in severo-vzhodni Sloveniji, kar je posledica lege v območjih z intenzivno kmetijsko izrabo tal in še vedno ne povsem urejeno komunalno infrastrukturo. Po visoki povprečni vsebnosti fosforja nad 100 μg/L izstopajo Šmartinsko, Perniško, Ledavsko in Gajševsko jezero. Velik delež obremenitve s hranili in fosforjem v vseh zadrževalnikih predstavlja tudi intenzivna ribiška dejavnost, od krapolova, do ribogojstva. O trendih upadanja fosforja tu ni mogoče govoriti, nihanja v koncentraciji fosforja med posameznimi leti v zadrževalnikih so le posledica specifičnih hidroloških in meteoroloških razmer ob vzorčenju. Tudi prosojnost teh zadrževalnikov je stalno nizka in ne preseže globine 1 m. Poleg stalno visoke produkcije planktonskih alg in cianobakterij, na zmanjšano prosojnost vpliva občasno tudi velika količina suspendiranega materiala, ki ga med hranjenjem dvigujejo ribe, oziroma veter, ki v plitvih zadrževalnikih večkrat premeša vso vodo od površine do dna.

Zadrževalniki v povodju Jadranskega morja, Klivnik in Molja v Brkinih v porečju reke Reke ter Vogršček v Vipavski dolini, so manj obremenjeni s fosforjem kot štajerski in prekmurski. Vsi trije sodijo med mezotrofna, s hranili zmerno obremenjena jezera, kjer je povprečna vsebnost fosforja med 10 in 20 µg/l. Tudi povprečna prosojnost teh zadrževalnikov je večja, med 2 in 3 m. Nihanja tako vsebnosti fosforja, kot tudi prosojnosti so posledica specifičnih hidroloških in vremenskih razmer pred vzorčenjem.

Velenjsko in Družmirsko jezero sta umetni jezeri, ki sta nastali zaradi ugrezanja in zalitja opuščenih delov rudnika lignita v Velenju. Povprečna vsebnost fosforja v Velenjskem jezeru je v obdobju 2007 - 2010 znašala 50 μg/L, kar je znatna obremenitev. Kljub temu je produkcija fitoplanktona verjetno zaradi povišane vsebnosti molibdena in sulfatov, nižja od pričakovane. Kjub visoki vsebnosti fosforja je zato prosojnost Velenjskega jezera razmeroma visoka. V obdobju 2007 - 2010 je v povprečju zanašala 5,6 m. V prvih dveh letih opazovanja Družmirskega jezera je bila vsebnost fosforja zelo različna. V letu 2010 je povprečna vsebnost znašala 50 μg/L, v letu 2011, pa je bila za polovico nižja. Podobno kot v Velenjskem jezeru produkcijo fitoplanktona motijo onesnaževala. Poleg tega je na območju Družmurskega jezera ugrezanje še vedno zelo intenzivno. V vodi je zato velika količina suspendiranega materiala, ki vpliva na manjšo prosojnost jezera in hkrati zaradi zasenčenja ovira razvoj fitoplanktona. Povprečna prosojnost Družmerskega jezera je v letu 2010 znašala 3,2 m, v letu 2011 pa 2,6m.

Ptujsko jezero je velika rečna akumulacija. Obremenjenost s fosforjem je znatna. Na nizko prosojnost vplivajo predvsem velike količine suspendiranega materiala, ki ga prinaša reka Drava v Ptujsko jezero. Zaradi velike pretočnosti, ki zavira produkcijo fitoplanktona prosojnost v primeru Ptujskega jezera ni relevanten pokazatelj trofičnosti. Po novi tipologiji Ptujsko jezero od leta 2011 spet uvrščamo med rečne ekosisteme in se stanje Drave na območju Ptujskega jezera vrednoti po kriterijih za reke.