Prevladujejo, predvsem poleti, številna izlitja manjših količin teže razgradljivih naftnih derivatov iz ladij in čolnov v morje, katerih povzročitelji največkrat ostajajo neznani. Povečuje se tudi tveganje večjega izlitja in onesnaženja. Nujno je izboljšati sistem opazovanja in obveščanja, na ukrepanje pa se pripraviti skupaj s sosednjima državama.

V obdobju 1961–2024 se je srednja letna višina morja ob slovenski obali povečala. Srednja letna višina morja na mareografski postaji Koper je leta 2024 dosegla 233 cm in je bila druga največja v primerjalnem obdobju 1991–2020. Največja letna višina morja 322 cm, je predstavljala tretjo največjo gladino morja po letu 1991, najmanjša letna višina morja 142 cm pa druga najvišja med  najnižjimi zabeleženimi višinami po letu 1991.

Biomasa fitoplanktona izražena kot koncentracija klorofila a odraža obremenjenost morskega okolja s hranilnimi snovmi. Koncentracije klorofila a kažejo na trend izboljšanja stanja slovenskega morja, saj je stanje v zadnjem obdobju ocenjeno kot dobro ali zelo dobro.

Kakovost kopalnih voda obalnega morja je odlična, kar Slovenijo uvršča v sam vrh med državami Evropske unije.

Pet vodnih teles slovenskega morja je na osnovi podatkov monitoringa v obdobju 2006 -2008 uvrščenih v slabo kemijsko stanje. To stanje je določeno zaradi preseženega okoljskega standarda kakovosti tributilkositrovih spojin, ki je na nivoju Evropske skupnosti določen od leta 2007 dalje. Ekološko stanje vodnih teles morja je določeno za tri vodna telesa, ki so v dobrem ali zelo dobrem stanju.

Hranila, predvsem dušikove in fosforjeve snovi, so pomembna za rast alg in višjih rastlin, vendar v previsokih koncentracijah lahko vodijo do nezaželenih sprememb pri vodnih organizmih in v kakovosti morske vode. Dolgoletne meritve izbranih hranil v slovenskem morju kažejo, da so se njihove koncentracije opazno znižale. Tako je ekološko stanje slovenskega morja na podlagi hranil v zadnjih letih ocenjeno kot dobro ali zelo dobro.

Kakovost vode za življenje in rast morskih školjk in morskih polžev je v obdobju 2003-2009 ustrezala zakonskim zahtevam.