Prevladujejo, predvsem poleti, številna izlitja manjših količin teže razgradljivih naftnih derivatov iz ladij in čolnov v morje, katerih povzročitelji največkrat ostajajo neznani. Povečuje se tudi tveganje večjega izlitja in onesnaženja. Nujno je izboljšati sistem opazovanja in obveščanja, na ukrepanje pa se pripraviti skupaj s sosednjima državama.

V letih od 2002 do 2005 je opazen trend izboljševanja kakovosti kemijskega stanja in saprobiološke kakovosti površinskih vodotokov.
Kazalec od leta 2006 zaradi spremembe zakonodaje nadomesti kazalec [VD12] Kemijsko in ekološko stanje površinskih voda.

Stanje na področju divjadi je v Sloveniji ugodno, večjih bolezenskih epidemij ni zaznati. Število rastlinojedih parkljarjev in divjih prašičev se je znižalo. Zaskrbljujoča je povečana izguba osebkov v prometu. Znižala se je absolutna višina škode, ki jo povzroča divjad.
Upravljanje vključuje vse živalske in rastlinske vrste. Poseganje v populacije divjadi temelji na lovsko upravljavskih načrtih, ki jih po predpisanem postopku na MKGP v sprejem posredujejo strokovne službe Zavoda za gozdove Slovenije.

Slovenija ima v svetovnem merilu eno najvišjih podzemeljskih biotskih pestrosti. Vodna favna z 200 vrstami je sploh najbogatejša, kopenska s 150 vrstami pa zaostaja kvečjemu za južnejšimi deli Dinarskega krasa. Pet slovenskih jamskih sistemov se je uvrstilo med 20 najbogatejših na svetu. Postojnsko-planinski jamski sistem s 50 vodnimi in 35 kopenskimi vrstami visoko prednjači. Zakon o varstvu podzemnih jam ščiti podzemeljsko okolje kot celoto. Ugotovljeno je slabšanje stanja v podzemeljskih habitatih, posebej drastično v okolici Kočevja.