Slovenija ima v svetovnem merilu eno najvišjih podzemeljskih biotskih pestrosti. Vodna favna z 200 vrstami je sploh najbogatejša, kopenska s 150 vrstami pa zaostaja kvečjemu za južnejšimi deli Dinarskega krasa. Pet slovenskih jamskih sistemov se je uvrstilo med 20 najbogatejših na svetu. Postojnsko-planinski jamski sistem s 50 vodnimi in 35 kopenskimi vrstami visoko prednjači. Zakon o varstvu podzemnih jam ščiti podzemeljsko okolje kot celoto. Ugotovljeno je slabšanje stanja v podzemeljskih habitatih, posebej drastično v okolici Kočevja.

Stanje na področju divjadi je v Sloveniji ugodno, večjih bolezenskih epidemij ni zaznati. Število rastlinojedih parkljarjev in divjih prašičev se je znižalo. Zaskrbljujoča je povečana izguba osebkov v prometu. Znižala se je absolutna višina škode, ki jo povzroča divjad.
Upravljanje vključuje vse živalske in rastlinske vrste. Poseganje v populacije divjadi temelji na lovsko upravljavskih načrtih, ki jih po predpisanem postopku na MKGP v sprejem posredujejo strokovne službe Zavoda za gozdove Slovenije.

Vsote ostankov sredstev za varstvo rastlin ter njihovih razgradnih produktov (metabolitov) kažejo na večini vodonosnikov v Sloveniji trend zmanjševanja, kar je predvsem posledica padanja koncentracij atrazina in njegovega metabolita desetilatrazina. Ravno tako se zmanjšuje število posameznih aktivnih snovi in njihovih razgradnih produktov, ki presegajo mejno vrednost za posamezne aktivne snovi, 0,1 µg/l.