Skupne emisije snovi, ki povzročajo zakisovanje (SO₂, NO_x, NH₃), so se v obdobju 1990-2005 zmanjšale za 59 %, emisije iz energetskih virov pa za 66 %. Leta 2005 so znašale 3.635 kt. Energetski viri so prispevali 70 %. Največ so se zmanjšale emisije iz transformacij (74 %), industrije (71 %) ter zgorevanja goriv na drugih področjih (71 %), zlasti zaradi namestitve razžvepljevanja dimnih plinov, uvajanja tekočih in trdnih goriv z nižjo vsebnostjo žvepla ter zamenjave goriv. Med sektorji so glavni vir emisij transformacije.

Prevladujejo, predvsem poleti, številna izlitja manjših količin teže razgradljivih naftnih derivatov iz ladij in čolnov v morje, katerih povzročitelji največkrat ostajajo neznani. Povečuje se tudi tveganje večjega izlitja in onesnaženja. Nujno je izboljšati sistem opazovanja in obveščanja, na ukrepanje pa se pripraviti skupaj s sosednjima državama.

V letih od 2002 do 2005 je opazen trend izboljševanja kakovosti kemijskega stanja in saprobiološke kakovosti površinskih vodotokov.
Kazalec od leta 2006 zaradi spremembe zakonodaje nadomesti kazalec [VD12] Kemijsko in ekološko stanje površinskih voda.

Slovenija ima v svetovnem merilu eno najvišjih podzemeljskih biotskih pestrosti. Vodna favna z 200 vrstami je sploh najbogatejša, kopenska s 150 vrstami pa zaostaja kvečjemu za južnejšimi deli Dinarskega krasa. Pet slovenskih jamskih sistemov se je uvrstilo med 20 najbogatejših na svetu. Postojnsko-planinski jamski sistem s 50 vodnimi in 35 kopenskimi vrstami visoko prednjači. Zakon o varstvu podzemnih jam ščiti podzemeljsko okolje kot celoto. Ugotovljeno je slabšanje stanja v podzemeljskih habitatih, posebej drastično v okolici Kočevja.