Trendi populacij izbranih vrst ptic kažejo, da se stanje okolja v kulturni krajini še vedno slabša, predvsem na nekaterih območjih, kot sta Prekmurje in Ljubljansko barje. Populacija izbrane gozdne vrste ptic (srednjega detla) je sicer stabilna, vendar je bil v zadnjih letih zabeležen trend slabšanja kakovosti njegovega habitata, ki je zlasti posledica intenziviranja sečnje. Populacije ptic, ki prezimujejo na slovenskih rekah in drugih vodnih telesih imajo različne trende, ki se pri večini vrst ujemajo s trendi prezimujočih regionalnih biogeografskih populacij v Evropi.

Slovenija ima kljub majhni površini izredno visoko vrstno pestrost. Med številnimi rastlinskimi in živalskimi vrstami se številčnost mnogih zmanjšuje in obstaja možnost, da izumrejo, so ogrožene. Na rdečem seznamu ogroženih vrst v Sloveniji je, na primer, več kot štiri petine vseh znanih vrst dvoživk in plazilcev ter skoraj polovica, to je 41, vrst sesalcev.

Slovenija ima v svetovnem merilu eno najvišjih podzemeljskih biotskih pestrosti. Vodna favna z 200 vrstami je sploh najbogatejša, kopenska s 150 vrstami pa zaostaja kvečjemu za južnejšimi deli Dinarskega krasa. Pet slovenskih jamskih sistemov se je uvrstilo med 20 najbogatejših na svetu. Postojnsko-planinski jamski sistem s 50 vodnimi in 35 kopenskimi vrstami visoko prednjači. Zakon o varstvu podzemnih jam ščiti podzemeljsko okolje kot celoto. Ugotovljeno je slabšanje stanja v podzemeljskih habitatih, posebej drastično v okolici Kočevja.

Vrstno bogastvo v Sloveniji je še solidno ohranjeno, razločno večje v zahodni polovici države. Brez sistematičnega monitoringa na stalnih popisnih ploskvah je kratkoročne trende nemogoče zanesljivo zaznati, a v nekaterih predelih prihaja do upadanja zaradi spreminjanja rabe in zaradi velikopovršinskega vpliva tujerodnih invazivnih vrst.

Populacija rjavega medveda je v Sloveniji v ugodnem stanju ohranjenosti, s trendom izboljšanja. Spomladanska ocena števila medvedov je leta 2020 znašala 990 osebkov.

Populacija je severozahodni del dinarsko-pindske populacije, ki je bila leta 2012 ocenjena na 3950 osebkov in je stabilna oziroma narašča.

Rjavi medved je življenjsko vezan na velika gozdna območja, ki jih v Sloveniji predstavljajo predvsem visoko kraški gozdovi jelke in bukve, zato kazalec hkrati posredno odraža tudi ohranjenost te gozdne krajine, večinoma uvrščene v območje omrežja Natura 2000.

Odškodnine se izplačujejo za škodo, ki jo na premoženju povzročijo živali zavarovanih vrst. V letih, ko je zaradi pomladanskih pozeb ali poletne suše hrane v naravi manj, je pritisk prostoživečih živalskih vrst na človeške dobrine običajno večji. V letu 2019 smo obravnavali 1301 takšnih škodnih dogodkov, kar je za 76 % več kot v letu 2018. Za 1173 vloženih zahtevkov je bilo odobreno izplačilo odškodnine v skupni višini 570.580,39 EUR za škodo, ki so jo povzročile živali 28 zavarovanih vrst. Škodo na premoženju so lastniki opažali večinsko v obdobju od julija do novembra.

Delež prisotnih invazivnih tujih vrst (ITV) (npr. Robinia pseudacacia, Ailanthus altissima, Buddleja davidii, Erigeron annuus) v zadnjem desetletju kaže naraščajoč trend. Povečanje deleža ITV je očiten vzdolž velikih nižinskih rek Save, Mure in Drave, prav tako tudi ob Kolpi. Višji predeli Slovenije, predvsem Alpe in dinarski svet, imajo zaenkrat še zelo malo ali nič ITV, vendar pa je prav izrazito povečanje deleža na zahodni meji dinarskega sveta zaskrbljujoče.

Populacija velike pliskavke (Tursiops truncatus) v Sloveniji je del večje populacije, razširjene na območju severnega Jadrana. Stanje populacije v Sloveniji spremlja Morigenos – slovensko društvo za morske sesalce. Slovenske vode letno uporablja med 40 in 100 velikih pliskavk. Kljub časovni variabilnost v gostoti in pogostosti uporabe območja je videti, da je trend populacije negativen in da ocenjeno število živali z leti nekoliko upada.

Stanje ohranjenosti vrst v Sloveniji kaže, da ima le 30 % vrst ugodno stanje, prav tako so neugodni tudi trendi. V letih 2013 – 2018 se je glede na preteklo poročevalsko obdobje delež  vrst z ugodnim stanjem ohranjenosti ohranil, vendar se je povečal delež vrst s slabim stanjem ohranjenosti. Kar tretjina evropsko pomembnih vrst ptic ima negativen ali negotov kratkoročen trend.

Ugodno stanje ohranjenosti habitatnih tipov v Sloveniji dosega le še dobra tretjina evropsko pomembnih habitatnih tipov. Za doseganje ciljev Strategije EU za biotsko raznovrstnost je potrebno dosledneje upoštevati usmeritve Uredbe o posebnih varstvenih območjih (območjih Natura 2000) ter izvajati Program upravljanja območij Natura 2000. To še zlasti velja za območja s sladkovodnimi, mokriščnimi, barjanskimi in traviščnimi habitatnimi tipi.