Varovana območja narave vključujejo območja omrežja Natura 2000 in zavarovana območja narave, to so parki, rezervati in naravni spomeniki. Prikazana je vrsta rabe zemljišč v varovanih območjih. Vloga kmetijstva pri ohranjanju biotske raznovrstnosti je prikazana z deležem kmetijskih zemljišč v skupni površini varovanih območij. Kazalec torej prikazuje način rabe tal na varovanih območjih, ne zagotavlja pa neposredne informacije o doseganju ugodnega stanja prosto živečih rastlinskih in živalskih vrst, njihovih habitatov ter habitatnih tipov na teh območjih.

Varovana območja narave vključujejo območja omrežja Natura 2000 in zavarovana območja narave (narodni park, regijski park, krajinski park, strogi naravni rezervat, naravni rezervat in naravni spomenik). Velik delež varovanih območij izhaja iz razmeroma neugodnih razmer za kmetijstvo, pestre naravne značilnosti Slovenije in okolju dokaj prijazne rabe prostora, ki se kaže v veliki gozdnatosti, mozaični razporejenosti kmetijskih habitatov in velikem deležu travinja v strukturi kmetijske zemlje.

V letu 2022 je bilo v varovanih območjih 153.853 ha kmetijskih zemljišč, kar je slabih 2000 ha več kot leta 2011. Delež kmetijskih zemljišč v državi, ki so vključene v različne oblike varovanja je 26,3 %. Kmetijska zemljišča so leta 2022 pokrivala 18,8 % varovanih območij narave, pretežni del varovanih območij je pokrival gozd (69,8 %). V Direktivi o habitatih imajo pomembno vlogo polnaravni habitati. To so kmetijski habitati, ki so nastali v prejšnjih stoletjih v okviru tako imenovane tradicionalne kmetijske pridelave oz. vplivov kmetijske rabe v prostoru. Ta je omogočila nastanek in obstoj pol-naravnih rastlinskih in posledično tudi živalskih združb in s tem prispevala k večji biološki pestrosti. Kot primer lahko navedemo suhe kraške ravnike, kjer redna košnja enkrat letno preprečuje zaraščanje ter omogoča obstoj biotske pestre travniške združbe. Obstoj teh habitatov v zadnjem času poleg zaraščanje ogroža tudi urbanizacija. Tradicionalni oz. sonaravni načini kmetovanja so torej pogoj za ohranitev teh travnikov.

V Sloveniji polnaravni habitati, ki se prepletajo z ostalimi obdelovalnimi zemljišči, v veliki meri ustvarjajo neponovljivo kulturno krajino. Ker za Slovenijo še ni v celoti izdelana karta habitatnih tipov in ker gre za zelo pomemben (osnovni) podkazalec, bi bilo potrebno narediti celovit pregled in kartiranje oz. prostorsko opredelitev kmetijskih habitatov posebnega pomena.