Varovana območja narave vključujejo območja omrežja Natura 2000 in zavarovana območja narave, to so parki, rezervati in naravni spomeniki. Prikazana je vrsta rabe zemljišč v varovanih območjih. Vloga kmetijstva pri ohranjanju biotske raznovrstnosti je prikazana z deležem kmetijskih zemljišč v skupni površini varovanih območij. Kazalec torej prikazuje način rabe tal na varovanih območjih, ne zagotavlja pa neposredne informacije o doseganju ugodnega stanja prosto živečih rastlinskih in živalskih vrst, njihovih habitatov ter habitatnih tipov na teh območjih.

Varovana območja narave vključujejo območja omrežja Natura 2000 in zavarovana območja narave (narodni park, regijski park, krajinski park, strogi naravni rezervat, naravni rezervat in naravni spomenik). Velik delež varovanih območij izhaja iz razmeroma neugodnih razmer za kmetijstvo, pestre naravne značilnosti Slovenije in okolju dokaj prijazne rabe prostora, ki se kaže v veliki gozdnatosti, mozaični razporejenosti kmetijskih habitatov in velikem deležu travinja v strukturi kmetijske zemlje.

V letu 2007 je bilo v varovanih območjih 152.441 ha kmetijskih zemljišč, kar je okoli 10.000 ha manj kot leta 2004. Zmanjšana površina je predvsem posledica izključitve vplivnega območja Regijskega parka Škocjanske jame iz zavarovanih območij. Delež kmetijskih zemljišč v državi, ki so vključene v različne oblike varovanja, se je tako zmanjšal za slab odstotek na 25,1 %. Kmetijska zemljišča so leta 2007 pokrivala 19,7 % varovanih območij narave, pretežni del varovanih območij je pokrival gozd (71,2 %). V Direktivi o habitatih imajo pomembno vlogo polnaravni habitati. To so kmetijski habitati, ki so nastali v prejšnjih stoletjih v okviru tako imenovane tradicionalne kmetijske pridelave oz. vplivov kmetijske rabe v prostoru. Ta je omogočila nastanek in obstoj pol-naravnih rastlinskih in posledično tudi živalskih združb in s tem prispeva k večji biološki pestrosti. Taki habitati predstavljajo ravnotežje in sožitje kmetijske pridelave. Kot primer lahko navedemo suhe kraške ravnike, kjer redna košnja enkrat letno preprečuje zaraščanje ter omogoča obstoj biološko pestre travniške združbe. Obstoj teh habitatov ogrožata predvsem spontano zaraščanje in ponekod intenzifikacija kmetijske pridelave. Ohranjajo jih lahko samo z ukrepi, ki pomagajo vzdrževati tradicionalne oz. ekstenzivne načine kmetovanja. Ti habitati so lahko izredno ranljivi in lahko hitro izginjajo tako pri opuščanju kot pri intenziviranju kmetovanja. V Sloveniji ti habitati, ki se prepletajo z ostalimi obdelovalnimi zemljišči, v veliki meri ustvarjajo neponovljivo kulturno krajino. Ker za Slovenijo še ni izdelana karta habitatnih tipov in ker gre za zelo pomemben (osnovni) podkazalec, bi bilo potrebno narediti celovit pregled in kartiranje oz. prostorsko opredelitev kmetijskih habitatov posebnega pomena. Pristop pri opredelitvi in vrednotenju mora biti interdisciplinaren (agronomi, biologi, gozdarji, živinorejci).