Kazalec prikazuje število vrst v podzemeljskih habitatih v Sloveniji. Upoštevane so samo na podzemlje vezane vrste, imenovane tudi troglobiotske vrste. Številke so zaokrožene, saj z napredujočo raziskanostjo stalno naraščajo. Število vrst v podzemeljskih vodah, torej jamskih ter v peščenih in prodnih naplavinah, obsega v Evropi približno 8 % vse sladkovodne favne. Delež kopenske jamske favne ni določljiv.
Visoko prevladovanje na podzemlje vezanih vrst nad površinskimi vseljenci v podzemeljskem vodnem telesu kaže tudi na visoko čistost in s tem uporabnost podzemeljske vode.

Slovenija ima izjemno visoko število izključno na podzemlje vezanih živalskih vrst. Kaže, da je vodna favna z 200 vrstami sploh najbogatejša, kopenska s 150 vrstami pa zaostaja kvečjemu za južnejšimi deli Dinarskega krasa. Okoli 55 % vodne favne so drobni raki, 25 % pa polžki. Čez 50 % kopenskih vrst so hrošči. Največja gostota vrst je na Dinarskem krasu južne Slovenije, drugih kraških območjih, nekaj vodne favne pa je tudi v talni vodi nekraških ravnin.
Visoko je tudi število na podzemlje vezanih vrst po posameznih jamskih sistemih. Kar pet slovenskih jamskih sistemov se je uvrstilo med 20 najbogatejših na svetu. Postojnsko-planinski jamski sistem s 50 vodnimi in 35 kopenskimi vrstami visoko prednjači, njegova prednost pa je še dodatno bogastvo 'mladih' površinskih vseljencev v ponikalnici in vhodnih rovih. Posebej zanimive so vrste, ki vzdolž ponikalnice kažejo napredujočo prilagojenost podzemlju. Razen v jamah je zelo visoko število vrst tudi v vodi prodne ravnine Ljubljanskega polja.

Večine podzemeljskih živali ne ogrožajo zbiralci (znanstveniki ali trgovci), v celoti pa jo ogroža onesnaženje, ki večinoma izvira s površja. Seveda mnoge snovi ogrožajo podzemeljski živelj neposredno. Vnos na videz manj nevarnih organskih snovi v podzemlje omogoča vdor površinskim vrstam, ki izpodrivajo izključno na podzemlje vezane vrste. Voda se v podzemlju samoočiščuje le do stopnje nitratov, ti pa se akumulirajo. Zato so le človeška ribica in podzemeljski hrošči potrebni in tudi deležni posebne zaščite z Uredbo o zavarovanih prosto živečih živalskih vrstah (Ur.l. RS, št. 46/2004, 109/2004, 84/2005, 115/2007 in 32/08-odlUS). Ta pa ščiti tudi habitate vseh drugih podzemeljskih vrst, torej podzemeljsko okolje kot celoto. Razen tega je velik del biotsko posebej pestrih območij deloma zavarovanih z Naturo 2000, medtem ko je pod posebnim varstvom (kot ramsarsko mokrišče) le sorazmerno revna podzemeljska favna Škocjanskih jam.

Vodam v prodnih in peščenih nanosih pod tlemi ravnic se stanje slabša, vedno manj pa je tudi uporabnih vodnjakov, kjer je sorazmerno enostavno spremljanje stanja. Tudi v kraških območjih je stanje mestoma močno poslabšano. V Postojnsko-planinskem jamskem sistemu opažamo v povojnem obdobju vdor površinskih vrst vzdolž ponikalnice, a se je stanje po sanaciji razmer v Postojni izboljšalo. Zelo slabo je stanje v okolici Kočevja, kjer so nekatere podzemeljske vode onesnažene zaradi intenzivne živinoreje, druge pa od smetišč; izginile so nekoč izjemno goste kolonije človeške ribice. V manjši meri opažamo podobne pojave drugod; v jamah, ki niso opazno onesnažene neredko ne najdemo več živali, ki so prej bile prisotne. Sistematičnega spremljanja sprememb ni.

Velika večina izključno na podzemlje vezanih vrst je endemnih. To pomeni, da so omejene na določen kraj ali območje. Večinoma so omejene vsaj na južno polovico Slovenije, številne bistveno ožje, njihova splošna območja pa so povrhu razbita na številne manjše krpe; zato so vse te vrste ogrožene.