Skupne emisije trdnih delcev (primarnih in sekundarnih) so se v obdobju 2000-2005 zmanjšale za 26 %. Leta 2005 so znašale 94 kt, 86 % emisij je bilo iz energetskih virov. Prevladovale so emisije sekundarnih trdnih delcev (90 % vseh emisij). V obdobju 2000-2005 so se emisije primarnih trdnih delcev povečale za 7 %, zlasti zaradi prometa, emisije sekundarnih delcev pa so se zmanjšale za 28 %, zaradi zmanjšanja emisij SO₂, NO_x in NH₃. Največji vir emisij je promet, sledijo transformacije.

Prevladujejo, predvsem poleti, številna izlitja manjših količin teže razgradljivih naftnih derivatov iz ladij in čolnov v morje, katerih povzročitelji največkrat ostajajo neznani. Povečuje se tudi tveganje večjega izlitja in onesnaženja. Nujno je izboljšati sistem opazovanja in obveščanja, na ukrepanje pa se pripraviti skupaj s sosednjima državama.

V letih od 2002 do 2005 je opazen trend izboljševanja kakovosti kemijskega stanja in saprobiološke kakovosti površinskih vodotokov.
Kazalec od leta 2006 zaradi spremembe zakonodaje nadomesti kazalec [VD12] Kemijsko in ekološko stanje površinskih voda.

Slovenija ima v svetovnem merilu eno najvišjih podzemeljskih biotskih pestrosti. Vodna favna z 200 vrstami je sploh najbogatejša, kopenska s 150 vrstami pa zaostaja kvečjemu za južnejšimi deli Dinarskega krasa. Pet slovenskih jamskih sistemov se je uvrstilo med 20 najbogatejših na svetu. Postojnsko-planinski jamski sistem s 50 vodnimi in 35 kopenskimi vrstami visoko prednjači. Zakon o varstvu podzemnih jam ščiti podzemeljsko okolje kot celoto. Ugotovljeno je slabšanje stanja v podzemeljskih habitatih, posebej drastično v okolici Kočevja.